Em junho de 2023, a Rede de Plataformas Tecnológicas (RPT) da Fiocruz recebeu o equipamento Chromium iX, uma solução avançada da empresa 10X Genomics que possibilita a caracterizações moleculares, em larga escala, de células isoladas – as chamadas abordagens single-cell. O novo equipamento será instalado em breve na Plataforma de Citometria de Fluxo RPT08A, localizada no Laboratório de Microbiologia Celular do IOC/Fiocruz, e ficará sob responsabilidade do coordenador da plataforma Geraldo Pereira e da pesquisadora Letícia Lery.
Mais do que receber um novo equipamento, a equipe da plataforma celebra a implementação de um consórcio de plataformas já existentes e participantes da RPT, que terá capacidade para desenvolver projetos e analisar amostras utilizando abordagens multiômicas avançadas. Além da Plataforma de Citometria de Fluxo, esse consórcio de plataformas envolve também as plataformas de Citometria de Fluxo RPT08A, Sequenciamento NGS RPT01J e plataforma de Bioinformática (RPT04A).
A idealização do consórcio teve seu início em 2020 a partir do edital Inova-Fiocruz Equipamentos. Posteriormente ocorreu a aquisição do FACSymphony A5, um citômetro de fluxo com capacidade para análise simultânea de 30 parâmetros. O consórcio iniciou suas atividades reunindo-se em outubro de 2022 durante o “II Symposium on regulation of the immune response in chronic inflammatory diseases”, no Palácio Itaboraí, em Petrópolis. Na ocasião, a gerente operacional da RPT, Eliane Campagnuci coordenou uma discussão sobre funcionamento das plataformas de citometria de fluxo e integração com a plataforma de sequenciamento NGS. Em janeiro de 2023, a equipe do consórcio (entre eles Geraldo Pereira, Leticia Lery, Aline Moreira e Thiago Parente) reuniu-se no Campus Manguinhos para discutir um fluxo de trabalho coordenado entre as plataformas. Desde então, a equipe compartilha protocolos e procedimentos através do ambiente virtual Teams.
Após os experimentos-piloto iniciais, durante os próximos três meses, o consórcio de plataformas estará aberto à comunidade científica através de projetos personalizados. As amostras serão processadas nas plataformas de citometria de fluxo e o preparo das amostras para single-cell será realizado no Chromium iX. A seguir, as bibliotecas para sequenciamento serão encaminhadas para a plataforma de Sequenciamento NGS e os dados de sequenciamento serão processados pela Plataforma de Bioinformática. Dessa forma, o consórcio de plataformas se propõe a entregar uma solução completa para o usuário/pesquisador.
Abordagens ômicas referem-se à capacidade de análise em larga-escala de aspectos moleculares e celulares em amostras biológicas. Já são bem estabelecidas, por exemplo, análises do conjunto de transcritos, de proteínas, de metabólitos celulares em populações celulares de interesse. Contudo, hoje sabemos que mesmo populações celulares relativamente homogêneas apresentam subpopulações com fenótipos diferentes; que tipos celulares relativamente já bem conhecidos podem modular a expressão de subconjuntos moleculares em resposta a estímulos, como processos infecciosos; e que populações celulares minoritárias podem desempenhar papéis centrais em processos de saúde/doença. Assim, a possibilidade de estudar o transcriptoma e/ou o proteoma de cada célula, individualmente, abre perspectivas sem precedentes para a caracterização de mecanismos moleculares muito mais detalhada e precisa.